Die Ursprünge der St. Nicolaikirche gehen nach dem Chronisten Rudolf Wendig (1893-1931 Pastor in Bützfleth) zurück bis ins Jahr 1050. In einer Stiftungsurkunde des Klosters St. Jürgen zu Stade wird eine Kapelle zu Butesvlete als Anhängsel zu St. Willehadi erstmals 1132 erwähnt. Nach dem Verfall dieser (Holz-)Kapelle und einem Felsenbau im 13. und 14. Jahrhundert wurde die Kirche noch in vorreformatorischer Zeit durch Hinaussetzen der Südwand erweitert.
Mit dem Bau des hölzernen Glockenturmes konnte 1671 begonnen werden. Seine Unterhaltung erforderte des öfteren größere Reparaturen (zuletzt saniert in den 80er Jahren d. letz. Jh.).
Anno 1770 wurde eine große Reparatur registriert, bei der u.a. das „Brauthaus" an der Nordwand (nur 11 Fuß groß) abgebrochen und der Altarraum völlig neu gestaltet wurde. Bei der großen Reparatur der Kirche im Jahr 1770 wurde auch der jetzt vorhandene Altar ganz neu hergestellt. Er ist eine Arbeit des Tischlers Hans Michael Keßler aus Borstel. Die jetzige Kanzel ist in Stade angefertigt, im Jahre 1682 geliefert und nach dem Umbau 1770 an die Südwand gesetzt worden.
1832 gab es noch einmal eine große Reparatur, als ein Stück des aus Felsen aufgeführten Mauerwerks an der langen Südwand eingestürzt war, nur ein kleiner Teil der Felsenwand ist dabei erhalten geblieben und steht noch heute. So hatte das Kirchengebäude das jetzt noch vorhandene äußere Aussehen bekommen.
Die Außenmaße betragen (rund): 36, 5 m Länge, 11, 5 m Breite und 28 m Höhe (davon 13 m Dachreiter).